仪器初度运用或替换淋洗液时，管路中的气泡简单进入泵内，构成体系压力和流量的不稳定，关于一些易发生气体的溶液如参加甲醇淋洗液，可先用真空脱气的办法除掉溶液中大部分气体，再于体系顶用惰性气体在线脱气的办法处理。已进入泵内的气泡能够终究靠发动阀扫除。具体办法是：先停泵，用一个打针器在发动阀处向泵内打针去离子水或淋洗液，可重复几回直到气泡扫除停止，然后再将泵发动。
体系中进入了空气，或许单向阀的宝石球与阀座之间有固体异物，使得两者不能闭合密封，需卸下单向阀浸入盛有乙醇的烧杯用超声波清洗。剖析泵上的压力传感器有毛病时也会构成压力动摇，应查看传感器旋钮上的O型密封圈是否有磨损。
泵密封圈变形后，在高压下会发生走漏。泵漏液时，体系压力不稳定，仪器无法作业，为延伸密封圈的惯例运用的寿数，在运用了浓度较高的碱今后，要用去离子水清洗泵头部分，以防发生沉淀物。
在体系的压力超越正常压力的30%以上时，能够以为该体系压力不正常。压力升高与以下几种状况有关：
(3)室温较低时如低于10℃时，体系压力会升高。设法使室温保持在15℃以上。
体系有走漏时，压力会下降。仔细查看各种接头是否拧紧。此外，当体系流路中有很多气泡存在，进入泵内构成空穴，发动泵后体系无压力显现，亦无溶液流出，为防止以上问题，活动相的容器要加压
